財政部國稅局表示，若是教育部核准登記或立案短期補習班，其教育勞務可依法免徵營業稅；但如果是未立案、未登記的補習班，必須依法辦理稅籍登記並課徵5％營業稅。
2017年我國發生女作家自殺案件，朝野立委要求徹查補習班稅籍，財政部在2017年公告函釋、要求所有補習班應課徵營業稅，以達到掌握稅籍目的，當時也研擬取消1986年所訂定的立案補習班免徵營業稅優惠函釋。
但教育部發函通知，認為一般立案補習班仍為販售教育勞務範圍，若課徵代徵性質的營業稅，營業稅是由最終買受人承擔，中間的業者皆可扣抵營業稅額，業者仍會將營業稅負轉嫁給消費者。
教育部也引用營業稅法規定，學校、幼稚園與其他教育文化機構提供之教育勞務，可免徵營業稅，其立法意旨在於提高國民教育水準，減輕受教育者費用。
財政部經評估後、2019年發布新函釋並取消2017年版本，訂定立案補習班只要登記稅籍即可、免課營業稅，但如果是販售非教育勞務的商品，比如說考試用書籍、CD及錄音帶等銷貨收入，仍要開立統一發票並報繳5％營業稅。未立案或未登記補習班必須登記稅籍、且各項商品與課程都要列為營業稅範圍。
另官員也指出，立案補習班雖然皆免課營業稅，但所得稅方面可分為獨資、公司型態。獨資補習班收入歸屬個人所得，但可以依照執行業務所得費用標準減除費用，剩下收入依照綜所稅率課徵5～40％稅負。目前我國多數補習班皆為獨資型態，例如文理或技藝類補習班，其費用標準皆適用50％，也就是五成收入可列為費用，剩下五成則歸列為所得課稅。
若為公司型態補習班，則適用20％營所稅，但可核實減除必要費用如場地租賃費、補習班教師薪資等成本。
