其中，值得注意的是，政府為符合「歐盟經濟特區租稅優惠構成有害租稅慣例指引」所定不得對國內外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇之原則，行政院擬具之《設置管理條例》第29條及《國際機場園區發展條例》第35條修正草案，並自108年1月18日生效，其修法重點由身分別之免稅，調整為於自由港區及國際機場園區之特區內，從事採購、輸入、儲存或運送等準備或輔助性質活動，銷售至國內或國外均可適用年度所得免稅優惠，並將免稅活動排除簡易加工作業。
另外，若外國營利事業因故不適用上開免稅規定，但因其所在國家與我國訂有租稅協定，則仍可申請適用租稅協定之營業利潤免稅優惠。且若外國營利事業在臺從事加工活動，而不適用上開免稅規定者，不論是否位於特定區內，則可依財政部107年4月17日台財稅字第10600664060號令釋之交易型態，按所訂定境內利潤貢獻度乘上同業利潤標準之簡易方式計算我國來源所得。即其在我國境內利潤貢獻程度計算方式為「貢獻度＝3％＋（我國境內製造加工相關成本費用／我國境內及境外相關成本費用）」。
換言之，如貨物僅在我國境內製造加工或因故無法提供相關境外成本，依據上述公式其貢獻度可為最高值100％。又以我國電子零組件製造業為例，其同業利潤標準淨利率為10％，若外國營利事業在臺從事加工活動並將電子零組件放置於自由港區儲轉，所需繳納之所得稅最高可達運出貨物總價的2％（銷貨收入*100％貢獻度*10％利潤率*20％稅率）。反之，如將加工完成之貨物直接出口，改儲存放置於稅務規定較為寬鬆的其他境外自由港區，這樣則可省去前述銷貨收入*2％的稅金。特別是對於體積較小但價值高昂的電子零組件而言，存放於臺灣自由港區內是否划算值得外商公司審慎評估。
我國為鼓勵外商公司利用在臺自由港區儲轉，財政部制定了許多相關租稅減免優惠措施。惟在全球競爭的環境下，許多跨國企業是會將臺灣的租稅優惠措施與其他國家比較，因此過高的稅率未必真能有效保護我國稅基，故要如何達到最佳平衡，將是未來的挑戰。（作者為Grant Thornton Taiwan 正大聯合會計師事務所所長）
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