綜合所得稅申報開始，經常往返中國大陸的台商及台籍幹部，申報大陸所得時要注意三個重點。首先，大陸來源所得應全額申報，不能只申報自行計算後的完稅所得；第二，想用大陸納稅憑證抵稅，相關憑證必須先由海基會完成驗證；第三，抵減額度也設有上限。
高雄國稅局表示，個人申報大陸來源所得，最常見的錯誤申報情形，就是自己將大陸的薪資所得計算完稅，然後只申報完稅部分的大陸所得，偏偏這種做法大錯特錯。
官員指出，依據《台灣地區與大陸地區人民關係條例》第24條規定，納稅義務人若有大陸地區來源所得，應併同台灣地區來源所得申報；不過為避免雙重課稅的疑慮，因此兩岸人民關係條例也規定，如果民眾在大陸已繳納的稅額，也可以拿回台灣扣抵。
官員表示，雖然大陸地區來源所得，並無法由國稅局查調所得時提供，不過許多台商或台幹取得大陸來源所得，報稅時也都誠實主動申報，可惜申報金額卻時常出狀況。
官員表示，國稅局處理台商及台幹申報案件時，最常發現的錯誤，就是發現民眾誤以為申報時可以先減除大陸地區已納稅額，沒有以收入總額列報，導致短漏報所得，因而受罰。
除此之外，大陸地區納稅證明文件也不能直接向國稅局主張節稅，官員指出，原則上台商或台幹在大陸繳完稅後，應先持大陸開立的完納所得稅證明文件，取得大陸公證機構承認，回到台灣再經海基會認可後，才可作為抵稅之用；不過就實務上而言，多半台幹申報薪資所得時，雇主會協助處理公證相關程序。
第三大重點則是扣抵稅額上限，官員表示，大陸地區來源所得會併入個人綜合所稅計算，依據納稅義務人所得級距，適用的5％至40％稅率，大陸地區所得也要依台灣地區適用稅率計算稅額，大陸已納稅額扣抵額數，不得超過該所得依台灣適用適用稅率計算增加的額度。
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