2021年度移轉訂價（TP）案件於第四季起進行選案查核，國稅局查核重點包含五大指標如利潤或對價關係異常、頻繁與關係人交易、集團利潤配置失衡、未揭露關係人交易、近年有違規情況等，另搭配數位查核與國別報告工具。
我國2017年因應OECD（經濟合作暨發展組織）的BEPS（稅基侵蝕與利潤移轉）計畫，實施三層文件機制（國別報告、集團主檔和本地事業報告），2021年將會查核企業移轉訂價結構，並且依據2018～2020年底企業提交的近三年國別報告交叉檢視。
國別報告依國別、地區以及不同公司，記載各公司或區域所涉收入、所得、資本、納稅及員工狀態。依照我國移轉訂價查核準則規定，若是企業全年營業收入淨額以及非營業收入合計數在5億元以上，或是全年收入總額在3億元以上未達5億元，只要全年受控交易總額達2億元，將會落入移轉訂價報告第一道門檻。
符合第一道門檻的企業，如果有境外關係交易、享有租稅優惠超過200萬元、申報扣除前十年虧損超過800萬元等任一情況，則會落入適用門檻，國稅局將要求備妥移轉訂價報告。
此外，國稅局近年的數位查核工具更協助稅局有效打擊避稅行為。勤業眾信（Deloitte）稅務部會計師張宗銘表示，近年國稅局靈活運用數位化做為選案查核工具，同時也從大量稽查轉為精準查核。
張宗銘指出，國稅局多在選案查核前先設定審查條件，運用數位工具篩選出可疑的案件，如跨年度的財務變化狀況警示、企業與開曼或BVI等境外受控公司交易比重等。
國稅局用選案查核系統鎖定目標後，張宗銘表示，後續國稅局則啟動專案審查，而且同時也會定期追蹤過去專案審查案件，只要同一企業集團符合選案標準而再度成為查核目標，國稅局將會運用近期統計做二次或多次查核，企業應該及早因應。
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