經營兩岸貿易的台商要注意，北區國稅局表示，若由台灣母公司負責業務洽談時，即便仲介廠商、仲介客戶都是中國大陸公司，廠商所支付的佣金，多半也屬於台灣地區所得，在兩岸都會被課稅，且被大陸扣繳的稅額，回台也不能主張抵稅。

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官員表示，企業若取得大陸地區來源所得，依據兩岸人民關係條例第24條規定，應併同台灣地區所得課稅，雖然大陸地區已經繳過的稅可以回台扣抵，但是所得來源的認定標準就很重要。

北區國稅局曾處理過一個跨國台商案例，官員指出，這個跨國集團的大陸子公司是設備維護廠商，台灣母公司有時會負責業務洽談工作，引薦大陸客戶給大陸子公司，大陸子公司也會支付佣金給台灣母公司。

然而大陸子公司支付佣金時，在大陸就會先被扣繳10%所得稅，官員指出，這間企業曾經主張這筆佣金所得為大陸地區所得，希望在大陸繳的稅可以抵減母公司的營所稅。

官員表示，但國稅局實際釐清發現，這間台企雖然提供仲介服務，但是仲介服務其實從頭到尾都是在台灣提供，即便仲介費是由大陸關係企業支付，依據《所得稅法》第8條規定，這筆收入其實還是台灣地區所得，並不是大陸地區所得，更不適用抵稅規定。

針對台灣地區來源所得，財政部其實有頒布認定原則，官員指出，以這個台商事業集團的案例來看，台灣母公司所提供的勞務，全部都在台灣境內進行且完成，也就符合認定原則的定義。

官員表示，有些資金如果企業自行判斷為大陸地區所得，但國稅局認定為台灣地區所得，即便同一筆錢已在大陸被課過所得稅，還是不能扣抵台灣應納營所稅。