財政部臺北國稅局表示，臺灣地區人民如有於大陸地區任職或進行投資等活動，而取有大陸地區來源所得，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，應併同臺灣地區來源所得辦理綜合所得稅結算申報。
       該局說明，綜合所得稅係採自行申報制，有所得即應自行申報，個人於綜合所得稅結算申報期間，雖可利用電子憑證查詢、下載所得資料或向稽徵機關辦理臨櫃查詢所得資料，惟該等資料僅供參考，仍須自行檢視核對，如有非屬稽徵機關應提供而未能提供之所得資料，仍應誠實申報，以免受罰。因大陸地區來源所得非屬稽徵機關應提供查詢之所得資料範圍，是臺灣地區人民如有大陸地區來源所得，仍應自行填列所得發生處所之名稱及所得總額，並以財政部每年公告之綜合所得稅結算申報新臺幣與人民幣之折算率(111年度為4.4144比1)換算，併入綜合所得總額課徵綜合所得稅。但該年度在大陸地區繳納的所得稅，得檢附大陸地區公證處公證及財團法人海峽交流基金會驗證之中華人民共和國稅收完稅證明，自應納稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
       該局舉例，甲君辦理109年度綜合所得稅結算申報，漏報大陸地區薪資所得約300萬元，經該局補徵稅額32萬餘元，並處罰鍰16萬餘元。甲君申請復查主張因國稅局網路查詢所得資料不全，導致漏報系爭所得，不應處罰，且其有於大陸地區繳納稅款，應自應納稅額中扣抵云云，經該局以大陸地區來源所得非屬稽徵機關應提供而未能提供之所得資料範圍，且甲君經該局多次函請提示經大陸地區公證處公證及財團法人海峽交流基金會驗證之中華人民共和國稅收完稅證明，均無理由而未提示，與規定要件未合，乃駁回甲君復查申請。
       該局呼籲，因大陸地區來源所得非屬稽徵機關應提供查詢所得資料範圍，臺灣地區人民如有大陸地區來源所得，仍應併入該年度綜合所得稅辦理結算申報，並確實依規定檢附相關文件供稽徵機關核認，另依稅捐稽徵法第48條之1規定，在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所轄稽徵機關補報並補繳所漏稅款，可加息免罰。民眾應注意依相關規定辦理申報，以免遭補稅處罰。
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