為鼓勵併購，企業若因併購、分割或收購等方式移轉土地，可先將原本應繳納的土地增值稅「記存」，暫時不用繳納，不過若土地日後再移轉，或不符持股比例65%規定等兩情形時，稽徵機關就會要求「校正回歸」，必須繳納原記存的土增稅。
土增稅是以土地漲價總數額為稅基，是在土地移轉時應課徵的稅款。不過為了鼓勵併購，避免企業從事併購時還要因為繳稅而增加資金壓力，因此針對企業或金融機構，因合併、分割或收購而移轉土地所有權等情形，可先經稽徵機關同意記存土增稅。
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不過暫時免繳不代表免稅，高雄市稅捐稽徵處表示，申請記存土增稅案件，若日後該筆土地再移轉時，除了繳納當次移轉的土增稅外，也要回過頭來追繳原記存的土增稅。
官員表示，所謂的「再移轉」，包含了買賣、贈與、信託、拍賣、被徵收等情形。
舉例而言，甲公司、乙公司依據《企業併購法》規定辦理合併，合併後乙公司消滅，其所有的A土地移轉登記到甲公司名下，原本應繳納的500萬元土增稅，將記存在甲公司名下。
如果地方稽徵機關查到這筆A土地移轉，將會對甲公司追繳原記存土增稅500萬元；若甲公司僅移轉A土地部分持分，則會依比例計算追繳稅額。
此外依企業併購法規定，收購或分割記存土地增值稅案件，被收購公司、被分割公司（或股東）在土地完成移轉登記日起三年內，若轉讓該對價取得的股份，導致持有股份低於原取得對價的65％時，也會被追繳原記存的土地增值稅。
地方稅處提醒，針對記存稅款列管案件，稽徵機關每年都會進行例行性清查，呼籲受列管公司配合，提供委請會計師、律師出具的報告書，用以審查因對價取得的股份，是否低於原取得對價的65％。
