台商及台幹申報中國大陸來源所得後，當地已繳納稅額可以回台抵減綜所稅額，不過須留意相關限制，台北國稅局指出，首先，完稅證明在申報前，須取得海基會認證；其次，如果在台適用稅率低於大陸地區，大陸地區稅額可能無法全額扣抵。
取得大陸地區來源所得，應在綜所稅結算申報時併同申報；不過為了不讓兩邊都課稅的情形發生，如果在大陸已經繳過所得稅，可以從應納稅額中扣抵，避免對國民造成重複課稅。
那麼該如何舉證扣抵呢？官員指出，經常往返大陸的台幹，如果屬於台灣的稅務居民，必須申報綜所稅，通常就不會是大陸的稅務居民，當地來源的大部分收入，也會是就源扣繳，譬如當地給出的薪資扣繳單，就是完稅證明之一。
但只有陸方出示的完稅證明還不夠，官員表示，納稅義務人申報大陸地區來源所得時，應檢附的大陸地區完稅證明，還必須經過我方海基會的認證，才能扣抵在大陸已經繳納的所得稅。
但是抵稅時必須注意第二項重點，官員指出，稅法規定，可以扣抵的綜所稅稅額，最高不能超過因加計大陸地區來源所得而增加的應納稅額。
官員舉例說，假設有位上班族因為業務需求，必須往返兩岸，他去年在大陸地區的收入，折合新台幣約為10萬元，已經被陸方就源扣繳10%所得稅（折合新台幣約1萬元）；而他今年在申報綜所稅時，計算多項扣除額後，適用的綜所稅稅率為5%（折合新台幣約5,000元），那他即便列報合格的大陸地區完稅證明，還是只能抵減5,000元應納稅額。
官員提醒，每年申報綜所稅時，雖然國稅局可以提供許多所得資料查詢，但大陸地區來源所得並不在查詢範圍，台商或台幹應主動申報，漏報或未申報被查獲，不只會補稅，還會面臨額外的罰鍰。
