經稽徵機關查獲短漏報銷售額後，始提出合法進項憑證，不得予以扣抵當次查獲短漏報之銷項稅額。

財政部高雄國稅局表示，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第35條第1項規定，營業人不論有無銷售額，均應按期填具申報書並檢附相關文件，向稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。準此，營業人如經稽徵機關查獲漏報銷售額，該漏稅額之認定方式，亦以扣抵「已申報」之合法進項憑證為前提。

該局進一步舉例說明，甲公司經稽徵機關查獲漏開及漏報統一發票銷售額100萬元、銷項稅額5萬元，甲公司主張尚有合法進貨發票80萬元(進項稅額4萬元)「未提出申報」，扣抵該筆稅額，惟依上開規定，於計算漏稅額時，該進項稅額不得自當次查獲漏報之銷項稅額中扣抵，是甲公司仍應依漏稅額5萬元裁罰。

該局提醒，依營業稅法施行細則第29條規定，進項稅額憑證申報扣抵期間，雖長達10年，仍要提醒營業人如有合法進項憑證請儘早申報，以免影響權益。