房地合一2.0自今年7月上路。財政部南區國稅局指出，獨資合夥組織不動產交易所得三大時期稅率皆不同，在2016～2017年適用17％營所稅率、2018年～2021年6月則歸課個人綜所稅；而房地合一2.0則比照個人適用15％～45％稅率，而且必須在移轉登記後30日內申報課稅。
獨資或合夥組織多命名為商號、行、店等，因設置成本便宜受青睞，依經濟部「2021年各類商業組織別登記家數」統計，我國約有87.71萬個獨資組織、3.95萬個合夥組織，合計全台約有91.66萬個獨資合夥組織，比有限公司（55.04萬家）、股份有限公司（17.75萬家）合計數還要多。
獨資、合夥組織數量眾多，但實質上仍為個人營業為主，因此各國多採穿透課稅原則，也就是直接歸課個人稅負。因應國際趨勢，自2018年所得稅改後，我國將獨資合夥組織所得改為歸課獨資資本主或合夥人個人綜所稅計稅。
但因應稅制變化，在房地合一1.0期間（2016年至2021年6月底），獨資合夥組織出售房屋分成兩大時期，首先是2016～2017年（所得稅改前），獨資資本主或合夥人必須將出售不動產所得納入營利事業所得，適用當時營所稅（17％），但必須先行繳納一半營所稅稅款，之後申報個人綜所稅，再扣抵獨資合夥組織營所稅已繳稅部分。
而2018年～2021年6月底房地合一1.0期間，因應所得稅改，獨資合夥出售不動產所得須先行列入營利所得範圍，再歸課到個人綜合所得稅，依個人適用綜所稅率5％～45％課稅。
惟2021年7月後房地合一2.0上路後，我國將獨資合夥組織交易不動產全面改為比照個人，若獨資合夥組織有出售不動產行為，必須在移轉登記日後30天內申報，且適用15％～45％房地合一稅率。
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