黃國昌指控蔡英文核心幕僚洪耀福，為圖利國策顧問秦嘉鴻，邀集國營事業高層，協調科學城物流股權轉讓事宜，但洪耀福嚴正否認並揚言提告。此事關乎執政團隊操守信譽，理應循司法管道還原真相。
由台糖、華航與民間企業新竹物流合資成立的科學城物流公司，自2017年進行一系列複雜的股權轉移，最終由內陸運輸公司嘉里大榮，在2019年取得逾60%股份與經營權，實質掌控原本屬於泛公股企業的科學城物流。
時代力量前立委、台灣公益揭弊暨吹哨者保護協會發起人黃國昌，7月間質疑整起讓政府失去對科學城物流控制權的股權交易案，涉及利益輸送與官商勾結，並點名益州化工董事長秦嘉鴻，不僅個人藉買低賣高科學城物流股份獲利超過千萬元，還以總統府國策顧問身分，與「黨政高層」合力要求華航、台糖配合，讓科學城物流經營權落入被懷疑有紅色資本背景的嘉里大榮手中。
9月8日，黃國昌公開指控協助秦嘉鴻喬事的「黨政高層」，就是民進黨前祕書長洪耀福，並明確點出2017年6月2日下午，洪耀福與秦嘉鴻曾邀集華航、台糖、新竹物流代表，到民進黨中央黨部會商，當場敲定華航出售手中的26%科學城物流股份，依成立公司時協議擁有優先承購權的台糖，則放棄認購，由新竹物流吃下華航股份。
黃國昌Facebook發文爆料後，洪耀福隨即在文下留言聲明：「本人從未召集國營事業高層至中央黨部大喬特喬科學城物流的經營權與股權交易，也從未與華航及台糖任何人（不論是高層或基層）見面或電話討論過科學城物流股權交易一事。」要求黃國昌撤下不實言論，否則將採取法律行動。黃國昌則回覆留言反嗆洪耀福「公然說謊」、「敢做不敢當」。
儘管兩人各說各話，但檢視科學城物流的股權轉移過程，確實有些不尋常。
首先，黃國昌指出，2017年3、4月間，新竹物流先以每股16元價格，將約6%科學城物流股權售予益州化工，同年6月，秦嘉鴻就以新竹物流法人代表身分，出任科學城物流董事，益州化工也同時推派2席監察人。
但6月23日，華航同時發函台糖與新竹物流，徵詢2大股東有無意願以每股20.5元價格，承接華航手中的26%科學城物流股份，新竹物流又回覆同意承購。不到3個月間，新竹物流對科學城物流的投資策略從「減持」轉為「增持」，且交易金額明顯賣低買高、價差超過二成，若科學城物流這段期間的經營狀況沒發生重大變化，這兩項決策之間的邏輯實在令人費解。
另一方面，華航在2017年6月23日發函表達賣股意願後，要求台糖與新竹物流須在7月25日前回覆，而且要買就得承購全部股份。但對國營事業台糖而言，短短1個月就連評估增加投資的必要性都很緊迫，更遑論編列預算認股，最終決定維持原有持股比率與既有獲利，華航股權理所當然地由新竹物流承接，此時新竹物流持股已達55%，科學城物流已成為民營企業。
