財政部台北國稅局表示，我國目前有產創、中小企業研發投抵等兩種辦法，業者只能擇一適用。兩種投抵皆涵蓋全職研發人員薪資，還有研究計畫的器材原料、專利權、系統等支出，惟產創投抵近年新增全職研發人員教育訓練費用，較中小企業更優惠。
至於研發支出抵減方式，產創、中小企業皆採二擇一機制，包括以支出金額15％抵減當年度營利事業所得稅，或是以支出金額10％分三年抵減各年度營所稅。另業者近三年內若有環保、勞工或食安等重大違規，則無法適用投抵優惠。
既然兩種優惠抵減率皆相同，那差異在哪裡？官員指出有兩項，首先是全職研發人員的教育訓練費用僅限產創投抵適用；另外，產創投抵必須為「高度創新」像是研發製程的創新，且必須經過經濟部核准；中小企業投抵為「一定程度創新」，例如文創商品創新，且經由地方政府或主管機關核准即可，其門檻較低。
官員也提醒，今年業者申報營所稅列報產創或中小企業投抵，其研發計畫相關支出必須要和報告相互勾稽，包括原物料、耗材、樣品等必須具完整進、領料紀錄，而專為研究發展購買或使用的專利權、專用技術及著作權、專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統等，皆需證明為研究所需，才能列入當年度攤折或支出費用。
另我國自2019年三讀通過產創條例修法，納入企業投資智慧機械、5G抵減優惠，當年度支出金額達100萬元至10億元以下者，可依照5％（當年度）或3％（分三年度）支出金額抵減營所稅額，同樣也限定為智慧機械、5G投資計畫。
舉例而言，北市生技公司A在申報109年度營所稅時，列報產創研發投抵，但其中的「專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用」中有700萬元為例行性檢驗支出、文具費用等，非屬專供研發用，因此國稅局認定應剔除原本的抵稅額105萬元（700萬元x抵減率15％）。
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