財政部北區國稅局表示，公司依證券交易法或公司法規定發行員工認股權憑證，個人依公司所定之認股辦法行使認股權者，「執行權利日」標的股票之時價超過認股價格之差額部分，核屬所得稅法第14條第1項第10類規定之其他所得，應計入執行年度之所得額，依法課徵所得稅。
該局說明，公司如未訂定員工認股權證辦法或員工不具認購資格，則員工(包含子公司之員工)須透過市場，按市價購買，始得持有公司股票，對於符合一定條件的員工在執行日行使員工認股權，即可按較當日市價為低之認購價格取得相同的股票，則其差額部分為員工提供勞務之補償性報酬或公司給予員工福利，核屬所得稅法第14條第1項第10類規定之其他所得。又當員工行使認股權時，發行認股權憑證公司或其代理機構將股票或認股權股款繳納憑證交付之日，員工即可自由處分該股票或憑證，以該時點為「執行權利日」。
該局舉例說明，林君任職於A公司，依A公司所定之員工認股權辦法，以每股50元之認股價格，於109年12月21日取得A公司股票10,000股(當日收盤價為每股235元)，旋於110年1月13日出售系爭股票。A公司以執行權利日（即109年12月21日）該股票時價超過認購價格之差額計算林君員工認股權所得1,850,000元﹝(235元-50元)×10,000股﹞，並掣發林君109年度其他所得免扣繳憑單。林君辦理109年度綜合所得稅結算申報，漏報該項所得，經國稅局補稅647,502元並按0.2倍裁處罰鍰129,500元。林君不服，主張其110年度才出售系爭股票，109年度没有所得，申請復查。案經該局以林君於109年12月21日行使其員工認股權認購取得A公司股票，是應以執行權利日之年度（109年）計入個人之綜合所得總額課徵所得稅，復查決定維持原核定。
該局提醒，公司於個人行使員工認股權時免予扣繳，惟應依所得稅法第89條第3項規定，向其轄內國稅局所屬分局、稽徵所或服務處列單申報及填發免扣繳憑單，民眾如有該項所得，可於綜所稅申報期間透過網路或臨櫃查調，主動誠實申報，以免遭補稅裁罰。如仍有疑問，請撥打免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細之諮詢服務。
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