企業買賣股票並非完全免稅，須注意我國二項稅制設計，台北國稅局指出，首先，證交所得雖原則上免納所得稅，但應計入基本所得額計稅；其次，若是出售長期持有達三年以上的股票，相關所得可享稅務減免。
官員表示，營利事業在出售股票時，根據《所得稅法》第4-1條規定，其證券交易所得雖可免納所得稅，但證交所得仍應計入當年度「基本所得額」當中課稅。
不過為鼓勵企業長期投資，所得基本稅額條例另有規定，在把證交所得納入計算時，若出售持有滿三年以上的股票，相關所得餘額，可以只將半數計入基本所得額，類似減半課稅的概念。
官員表示，就實務上來看，市場上流通的證券多為上市櫃股票，營利事業持有同一檔股票，購入時間、認購股價成本卻可能差很多，在稅務認定上，國稅局會以「先進先出法」來核算成本、適用的租稅優惠，營利事業應完整保留購股憑證供核。
舉例來說，A公司先是在2017年1月購入B公司10萬股、2019年7月又再加碼購買B公司30萬股，每股認購股價都是80元。
官員表示，後來A公司於2020年3月，以100元股價出售15萬股，國稅局會用先進先出法來推算，其中10萬股已持有滿三年以上，可以適用減半課徵條款，算出其適用基本所得額的證券交易所得為100萬元（價差20元×10萬股×1／2）。
但剩下的5萬股，推算應是2019年購入，持有期間未滿三年，這部分就不適用減半課徵條款，因此照原價算出基本所得額100萬元（價差20元×10萬股）。合計下來，A公司在2020年度應計入基本所得額的證券交易所得，應為200萬元。
基本所得額是根據《所得基本稅額條例》規定而產生的稅制，官員表示，為避免過度給予租稅優惠，企業須將依法享有的各類租稅優惠，與營所稅課稅所得額合計後，減除50萬元免稅額，依12%稅率重新核算「所得基本稅額」；基本稅額會與同年度的營所稅額比較後，再擇高課稅。
