綜合所得稅結算申報方式有網路申報、二維條碼及人工申報3種。為簡化綜合所得稅結算申報作業，財政部各地區國稅局針對結算申報內容單純案件，主動提供稅額試算服務，納稅義務人收到稅額試算通知書等相關書表經核對無誤後，於規定期限繳納稅款（繳稅案件）或回復確認（退稅案件及不繳不退案件），即完成綜合所得稅結算申報，可多加利用。 知識庫Q&A
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綜合所得稅結算申報方式有網路申報、二維條碼及人工申報3種。為簡化綜合所得稅結算申報作業，財政部各地區國稅局針對結算申報內容單純案件，主動提供稅額試算服務，納稅義務人收到稅額試算通知書等相關書表經核對無誤後，於規定期限繳納稅款（繳稅案件）或回復確認（退稅案件及不繳不退案件），即完成綜合所得稅結算申報，可多加利用。 -
申報書種類分簡式申報書與一般申報書2種。納稅義務人全年所得屬應申報扣（免）繳憑單、股利憑單或緩課股票轉讓所得申憑單的薪資、利息、公司分配的股利、合作社分配的盈餘、其他法人分配的盈餘、取自職工福利委員會的福利金，全年收入在18萬元以下的稿費（含版稅、樂譜、作曲、編劇、漫畫及講演鐘點費），採標準扣除額、無投資抵減稅額、無重購自用住宅扣抵稅額、無大陸地區來源所得且無須依所得基本稅額條例辦理個人所得基本稅額申報者，請使用簡式申報書；其餘納稅義務人，請使用一般申報書；須辦理個人所得基本稅額申報者，應另行填寫「個人所得基本稅額申報表」。納稅義務人可依規定於申報期間以自然人憑證、金融憑證、已申辦健保卡網路服務註冊之健保卡及密碼、利用國稅局核發之查詢碼或以稅額試算通知書上印製之查詢碼為通行碼，透過綜合所得稅電子結算申報軟體於網路向財政部財政資訊中心查詢所得及扣除額資料，或至國稅局臨櫃查詢，適用稅額試算服務者可參考國稅局寄發之稅額試算通知書表，或向憑單填發單位申請填發憑單，以憑申報綜合所得稅；在此特別提醒納稅義務人，所查詢的所得資料，僅供申報參考，如還有其他所得，仍應依法一併辦理申報，未依規定辦理申報致有短報或漏報情事者，應依所得稅相關法令規定處罰。
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符合下列條件之一的申報戶，不必辦理個人所得基本稅額申報：(一) 申報綜合所得稅時，未適用投資抵減獎勵，且沒有「海外所得」、「特定保險給付」、「私募證券投資信託基金的受益憑證交易所得」及「非現金捐贈扣除額」等應計入基本所得額之所得項目者。(二) 雖有前述應計入基本所得額之項目，但申報戶之基本所得額在670萬元以下者。(三) 符合所得稅法規定免辦結算申報之非中華民國境內居住之個人。不符合上述條件的申報戶，應依規定申報個人所得基本稅額。
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在每年5月1日至5月31日（如遇例假日則順延）結算申報期間都可以申報，在這段期間可利用國稅局提供之綜合所得稅結算申報書人工填寫或利用綜合所得稅電子結算申報繳稅系統辦理網路申報，適用稅額試算服務的納稅義務人亦可利用稅額試算通知書等相關書表辦理繳稅或回復確認。請儘早申報，可免最後幾天排隊擁擠。辦理綜合所得稅結算申報，於申報期間內可就近至任一國稅局所屬分局、稽徵所、服務處辦理；或利用郵寄以掛號逕寄戶籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所、服務處；或透過網際網路（https://tax.nat.gov.tw）辦理，但逾期申報者，僅得向戶籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所、服務處辦理。透過網際網路辦理申報有應檢附的其他證明文件、單據者，應於108年6月10日（如遇例假日則順延）前逕送（寄）戶籍所在地國稅局或就近至任一國稅局所屬分局、稽徵所及服務處代收。
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早申報早退稅，是財政部推行多年的便民措施，目前適用優先退稅案件如下：1.利用網際網路申報、適用稅額試算服務案件採用線上登錄及電話語音回復之退稅案件。2.於108年5月10日前採用人工填寫申報書、二維條碼申報書或適用稅額試算服務案件書面回復之退稅案件郵寄或送達戶籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所、服務處，國稅局將會優先辦理退稅，納稅義務人可於108年7月31日領到退稅款。另外不論是利用網際網路申報、稅額試算確認回復、二維條碼申報或人工填寫申報書，如利用存款帳戶劃撥退稅，只要在申報軟體、稅額試算確認書或申報書上，登入或填妥申報書內之本人、配偶或受扶養親屬之存款帳戶，如：郵局局號及帳號或金融機構名稱、總行代號、帳號及存款人身分證統一編號，退稅款將安安穩穩的劃撥到帳戶裡；退稅者不須再跑一趟銀行兌領，既便捷又安全。
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為減少無謂的稽徵程序，凡一個申報戶全年綜合所得總額（包括納稅義務人、配偶及受扶養親屬之所得）不超過免稅額及標準扣除額之合計數者（如下表），得免辦結算申報。所得總額中有薪資所得者，表列免辦申報之金額，每人尚可再加計薪資所得特別扣除額200,000元（未達200,000元者，以實際薪資所得金額為準）。年滿70歲的納稅義務人、配偶及受扶養直系尊親屬，每人可再減除免稅額44,000元。但如有扣繳稅款或股利及盈餘可抵減稅額依法可申請退稅者，務必要申報才能獲得退稅。
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納稅義務人在報完稅後，發現有所得漏報時，如果是在綜合所得稅結算申報期間，納稅義務人須填寫1份包含前次已申報之完整基本資料及本次漏報所得相關資料之申報書，並在申報書右方空白處註明第幾次補報及第1次申報之申報書收件號碼和日期，如果還需補繳稅款，用繳稅取款委託書、現金或信用卡均可（詳參繳退稅篇），稽徵機關會自動合併歸戶。若是補辦的時間已經超過5月31日（如遇例假日則順延），除了依前述方式補申報外，有補繳稅者已不適用繳稅取款委託書，必須再填寫1份自動補報繳款書，到金融機構繳稅，並依原應繳納稅款期間屆滿日中華郵政股份有限公司1年期的定期儲金固定利率按日加計利息。至於納稅義務人發現原來申報內容錯誤，要補正或更改，應另外填寫1份完整的申報書，如果有要補繳的稅額，應該要先繳納，並在申報書右邊空白的地方註明原來申報書的收件號碼和日期，重新辦理申報手續。另外，針對上一年度已辦理綜合所得稅結算申報或首次申報（去年未辦理綜合所得稅結算申報或無申報經驗的民眾）申請適用稅額試算服務者，經審核符合適用條件者，國稅局會主動協助其計算綜合所得稅應納稅額，在108年4月25日前以掛號寄出稅額試算通知書或以郵簡通知憑證使用者自行至財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw)下載稅額試算書表電子檔案。該稅額試算通知書表所載之所得資料，為給付單位在108年1月31日前向國稅局申報的資料，如納稅義務人在回復確認試算內容前，發現稅額試算通知書上的所得金額不正確，納稅義務人於5月1日至5月31日，得利用自然人憑證、金融憑證、已申辦健保卡網路服務註冊之健保卡及密碼或以該通知書上印製之查詢碼為通行碼，透過綜合所得稅電子結算申報軟體於網路向財政部財政資訊中心查詢所得及扣除額資料，另行辦理結算申報。在此要提醒的是，因少報或漏報應稅所得而未即時自動補報並補繳稅款者，除了要補繳稅款外，還會被處以所漏稅額2倍以下的罰鍰。
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夫妻因故分居兩地，依法仍須合併辦理結算申報；至夫妻一方於年度中死亡，其死亡當年度所得，仍應以生存配偶為納稅義務人合併辦理結算申報納稅。個人在年度中廢止國內的住所或居所離境時，應該在離境以前就該年度的所得辦理結算申報納稅，其免稅額和標準扣除額，應該按照離境日以前的天數，占全年天數比例計算。如果有特殊情形，不能在離境以前辦理申報，可以報經國稅局核准，委託國內居住的個人負責代理申報，如果有欠稅，或者沒有委託會計師或其他合法代理人代理申報納稅的話，國稅局可以通知內政部移民署，不予辦理出國手續。離境人的配偶如果是在我國境內居住的個人且仍然繼續居住國內，那麼他的所得不必在離境前申報，應由配偶合併在隔年5月1日到5月31日（如遇例假日則順延）辦理結算申報，免稅額和標準扣除額，都可以按照全額計算扣除。又個人在年度中死亡，免稅額及扣除額的減除，原本按生存日數占全年日數比例來換算減除；但由生存配偶辦理合併申報時，仍可減除全額免稅額及全額有配偶之標準扣除額。有薪資所得時，可扣除「薪資所得特別扣除額」，並適用薪資所得或各類所得分開計稅規定；如有退稅款，則須以生存配偶的金融機構存款帳戶申請退稅。
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(一) 在課稅年度中結婚之夫妻，應如何申報綜合所得稅呢？依現行所得稅法規定，在年度中結婚者，可選擇夫妻各自單獨申報或合併申報。依夫妻2人之所得、扶養親屬等狀況，可有下列4種申報方式：1. 夫妻各自單獨申報，也就是夫妻各填寫1份綜合所得稅結算申報書，夫妻所得完全分開計算，各自單獨申報。2. 夫妻所得合併申報，以夫或妻當納稅義務人，夫妻全部所得合併計稅3. 夫妻所得合併申報，以夫或妻當納稅義務人，將夫或妻的薪資所得分開計稅。4. 夫妻所得合併申報，以夫或妻當納稅義務人，將夫或妻的各類所得分開計稅。另外國稅局在各收件服務處備有申報軟體，亦可協助納稅義務人現場試算，選擇最節稅的方式申報。或透過網際網路之綜合所得稅電子結算申報繳稅系統，亦可自動計算出最低、最有利之應納稅額。(二) 至於結婚之時間如何認定？民法上結婚係以登記為要件，故以登記日為準（97年5月22日以前結婚不以登記為要件，而以舉行結婚之公開儀式日為準），稅捐稽徵機關亦掌握有戶政機關通報之結婚資料，新婚夫妻切記只有結婚那一年度的所得稅可以選擇單獨或合併申報，以後年度務必合併申報，以免受罰。
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(一) 夫妻兩人均有所得時，應如何辦理結算申報呢？依所得稅法第15條規定，除夫妻分居得各自申報外，均應辦理合併申報。納稅義務人可就下列3種稅額計算方式選擇較有利者合併申報：1.夫妻所得合併計算稅額2.夫妻薪資所得分開計算稅額計算本人或配偶薪資分開計稅部分之應納稅額時，分開計稅者僅得減除自己之免稅額及薪資所得特別扣除額，其餘免稅額及扣除額一律由納稅義務人申報減除。3.夫妻各類所得分開計算稅額計算本人或配偶各類所得分開計稅之應納稅額時，分開計稅者僅得減除自己之免稅額、財產交易損失、薪資所得特別扣除額、儲蓄投資特別扣除額(如全戶利息所得超過27萬元，由分開計稅者之他方及受扶養親屬就其利息所得在27萬元限額內先予減除，減除後如有剩餘，再由分開計稅者減除；如全戶利息所得在27萬元以下，則各自就其利息所得部分減除)及身心障礙特別扣除額。其餘免稅額及扣除額由分開計稅者之他方就其各類所得予以減除。(二) 上開3種計稅方式可進一步分為下列5種計算方式，以應納稅額最少之方式辦理申報。如果採用綜合所得稅電子結算申報繳稅系統，則程式將以最有利之計稅方式，計算應補（退）稅額，納稅義務人不須再為如何計算最有利應納稅額而傷腦筋了。1.夫妻各類所得合併計算稅額，合併申報。（夫或妻任何一方當納稅義務人都可以）2.將妻的薪資所得分開計稅，合併申報。（夫或妻任何一方當納稅義務人都可以）3.將夫的薪資所得分開計稅，合併申報。（夫或妻任何一方當納稅義務人都可以）4.將妻的各類所得分開計稅，合併申報。（夫或妻任何一方當納稅義務人都可以）5.將夫的各類所得分開計稅，合併申報。（夫或妻任何一方當納稅義務人都可以）(三) 又申報戶內如有獲配公司、合作社或其他法人以其87年度或以後年度盈餘所分配的股利或盈餘，得就下列方式擇一課稅:1.合併計稅：全戶股利及盈餘併入綜合所得總額課稅，並按全戶股利及盈餘合計金額的8.5%計算可抵減稅額，抵減應納稅額，每戶可抵減金額以8萬元為限。2分開計稅:無論納稅義務人或配偶的各類所得採合併或分開計算稅額，全戶股利及盈餘不計入綜合所得總額，以全戶股利及盈餘合計金額按28%單一稅率分開計算稅額，再與其他類別所得的應納稅額加總，計算應繳（退）稅額。
