扣繳義務人如果沒有依照所得稅法第88條規定扣繳稅款時，除了限定扣繳義務人於期限內補繳應扣未扣或短扣的稅款，以及補報扣繳憑單以外，還要按照應扣未扣或短扣的稅額處1倍以下的罰鍰，如果仍沒有於期限內補繳應扣未扣或短扣的稅款，或未按實補報扣繳憑單時，則按應扣未扣或短扣的稅額處3倍以下的罰鍰。但如果應扣未扣或短扣的稅額在新臺幣3,000元以下，而且已經在期限內補繳稅款及補報扣繳憑單的話，免予處罰。（所得稅法第114條第1款）（稅務違章案件減免處罰標準第6條第1項） 知識庫Q&A
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扣繳義務人如果沒有依照所得稅法第88條規定扣繳稅款時，除了限定扣繳義務人於期限內補繳應扣未扣或短扣的稅款，以及補報扣繳憑單以外，還要按照應扣未扣或短扣的稅額處1倍以下的罰鍰，如果仍沒有於期限內補繳應扣未扣或短扣的稅款，或未按實補報扣繳憑單時，則按應扣未扣或短扣的稅額處3倍以下的罰鍰。但如果應扣未扣或短扣的稅額在新臺幣3,000元以下，而且已經在期限內補繳稅款及補報扣繳憑單的話，免予處罰。（所得稅法第114條第1款）（稅務違章案件減免處罰標準第6條第1項） -
扣繳義務人在給付各類所得時，如果已經扣取稅款，但沒有在規定期限向公庫繳納稅款的話，每超過2天要按滯納之稅款加徵1%的滯納金，超過30天仍未繳納的話，將移送法務部行政執行署強制執行。扣繳義務人侵占已經扣繳的稅款，除了追繳已扣繳的稅款，還要依照稅捐稽徵法第42條第2項規定，處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣60,000元以下罰金。（所得稅法第114條第3款.稅捐稽徵法第20條、42條第2項）
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扣繳義務人已依規定扣繳稅款，但是未依規定在期限內按實填報扣繳憑單或填發扣繳憑單，除依國稅局規定期限內要按實補報或填發扣繳憑單外，還要按照扣繳稅額處20%的罰鍰，但最高不得超過新臺幣20,000元，最低不得少於新臺幣1,500元。但扣繳義務人若已逾期自動申報或填發扣繳憑單的話可以減半處罰，即按扣繳稅額處10%的罰鍰。另外扣繳義務人如經國稅局通知限期補報或填發扣繳憑單，仍然未在期限內補報或填發的話，則按扣繳稅額處3倍以下的罰鍰，但最高不得超過新臺幣45,000元，最低不得少於新臺幣3,000元。另扣繳義務人符合下列情形之一者，可減輕或免予處罰：1.已經自動補報或填發扣繳憑單，而扣繳稅額在新臺幣6,000元以下者，免予處罰。2.在填報或填發扣繳憑單期限屆滿後10天內，已自動補報或填發扣繳憑單，且補報或填發的給付總額沒有超過應填報或填發的扣繳暨免扣繳憑單給付總額30%者，免予處罰。3.已依國稅局通知期限內補報或填發扣繳憑單，且扣繳稅額在新臺幣4,000元以下者，免予處罰。4.非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有所得稅法第88條第1項規定之各類所得時，扣繳義務人如未於代扣稅款之日起10日內申報扣繳憑單，而於次年1月31日以前已自動申報，或次年1月遇連續3日以上國定假日，於2月5日以前已自動申報者，按應扣繳稅額處5%之罰鍰。5.營利事業解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人如未於10日內申報扣繳憑單，而於次年1月31日前已自動申報，或次年1月遇連續3日以上國定假日，於2月5日前已自動申報者，按應扣繳稅額處5%之罰鍰。（所得稅法第114條第2款）（稅務違章案件減免處罰標準第6條第2項）
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私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者，違反所得稅法第89條第3項規定，未依法在期限內填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，處這個團體或學校之責應扣繳單位主管、事業負責人、破產財團之破產管理人或執行業務者新臺幣1,500元的罰鍰，並通知限期補報或填發；如果超過期限不補報或填發者，應按所給付之金額處該團體或學校之責應扣繳單位主管、事業負責人、破產財團之破產管理人或執行業務者5%的罰鍰。但最高不得超過新臺幣90,000元，最低不能少於新臺幣3,000元。如果是政府機關、公立學校或公營事業，違反所得稅法第89條第3項規定，未依法在限期內或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單時，應通知該單位的主管機關議處該機關或學校之責應扣繳單位主管或事業之負責人。但是，上面所規定應處罰鍰的案件，有下列情形之一，可以減輕或免予處罰：1.私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，在填報或填發期限屆滿後10天內自動補報或填發，且補報或填發之給付總額未超過應填報或填發之免扣繳憑單給付總額之30%者，免予處罰。2.私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，已自動填報或填發免扣繳憑單而不符合前款規定，其給付總額在新臺幣1,500元以下者，按給付總額之二分之一處罰；其給付總額超過新臺幣1,500元者，按應處罰鍰減輕二分之一。3.私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者未依限填發或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，其給付總額在新臺幣1,500元以下，經於稽徵機關通知限期內補報或填發者，按給付總額處罰。（所得稅法第111條）（稅務違章案件減免處罰標準第5條）
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營利事業未依限按實填報或填發股利憑單者，除限期責令補報或填發外，應按股利憑單所載可扣抵稅額之總額處20%罰鍰，但最高不得超過新臺幣30,000元，最低不得少於新臺幣1,500元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稽徵機關限期責令補報或填發股利憑單，營利事業未依限按實補報或填發者，應按可扣抵稅額之總額處3倍之罰鍰，但最高不得超過新臺幣60,000元，最低不得少於新臺幣3,000元。 但是上面所規定應處罰鍰的案件，有下列情形之一，可免予處罰：1.已自動補報或填發股利憑單，可扣抵稅額在新臺幣6,000元以下者。2.經限期責令補報或填發股利憑單，已依限補報或填發，可扣抵稅額在新臺幣4,000元以下。（所得稅法第114條之3）（稅務違章案件減免處罰標準第8條第1、2款）
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信託行為之受託人短漏報信託財產發生之收入或虛報相關之成本、必要費用、損耗，致短計所得稅法規定受益人之所得額，或未正確按所得類別歸類致減少受益人之納稅義務者 ，應按其短計之所得額或未正確歸類之金額，處受託人5%之罰鍰。但最高不得超過新臺幣300,000元，最低不得少於新臺幣15,000元。信託行為之受託人未依規定之比例計算各受益人之各類所得額者，應按其計算之所得額與依規定比例計算之所得額之差額，處受託人5%之罰鍰。但最高不得超過新臺幣300,000元，最低不得少於新臺幣15,000元。信託行為之受託人未依限或未據實申報或未依限填發所得稅法規定之相關文件或扣繳憑單或免扣繳憑單及相關憑單者，應處該受託人新臺幣7,500元之罰鍰，並通知限期補報或填發；屆期不補報或填發者，應按該信託當年度之所得額，處受託人5%之罰鍰。但最高不得超過新臺幣300,000元，最低不得少於新臺幣15,000元。但是上面所規定應處罰鍰案件，有下列情形之一，可以減輕或免予處罰：1.信託行為之受託人短漏報信託財產發生之收入或虛報相關之成本、必要費用、損耗，致短計所得稅法規定受益人之所得額，或未正確按所得類別歸類致減少受益人之納稅義務，已自動補報或更正者，按應處罰鍰減輕二分之一。但其短計之所得額合計數或未正確歸類之所得額合計數在新臺幣60,000元以下者，免予處罰。2.信託行為之受託人未依所得稅法規定之比例計算各受益人之各類所得額，已自動更正者，按應處罰鍰減輕二分之一。但其計算之所得額合計數與依規定比例計算之所得額合計數之差額在新臺幣60,000元以下者，免予處罰。3.信託行為之受託人未依限或未據實申報或未依限填發所得稅法規定之相關文件或扣繳憑單或免扣繳憑單及相關憑單，已自動補報或填發者，按應處罰鍰減輕二分之一。但該信託當年度之所得額在新臺幣60,000元以下者，免予處罰。（所得稅法第111條之1）（稅務違章案件減免處罰標準第5條之1）
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扣繳義務人是指在給付所得時，應負責扣繳所得稅，並依規定期限按實填報扣繳憑單的人。各扣繳單位的扣繳義務人如下：1.公司分配予非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業之股利淨額；合作社分配予非中華民國境內居住之社員之盈餘淨額；獨資、合夥組織之營利事業分配或應分配予非中華民國境內居住之獨資資本主或合夥組織合夥人之盈餘，其扣繳義務人為公司、合作社、獨資組織或合夥組織負責人。2.薪資、利息、租金、佣金、權利金、執行業務報酬、競技、競賽或機會中獎獎金或給與，退休金、資遣費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金、告發或檢舉獎金、結構型商品交易之所得，及給付在中華民國境內無固定營業場所或營業代理人之國外營利事業之所得，其扣繳義務人為機關、團體、學校之責應扣繳單位主管、事業負責人、破產財團之破產管理人及執行業務者。3.給付總機構在中華民國境外而在我國境內未設分支機構並依所得稅法第25條規定計算營利事業所得額之營利事業，其營利事業所得稅扣繳義務人為營業代理人或給付人。4.給付在中華民國境內無分支機構之國外影片事業所得，其扣繳義務人為營業代理人或給付人。5.受益人如為非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，應以受託人為扣繳義務人。受益人為總機構在中華民國境外而在中華民國境內有固定營業場所之營利事業，其信託收益中屬獲配之股利淨額或盈餘淨額者，亦同。6.所得稅法第3條之4第5項、第6項規定之公益信託或信託基金，於實際分配信託利益時，應以受託人為扣繳義務人。7.委託人為營利事業之他益信託，受益人所享有信託利益之權利價值，如受益人為中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業或在臺灣地區無固定營業場所及營業代理人之大陸地區法人、團體或其他機構，以委託人為扣繳義務人。(所得稅法第89條、第89條之1)(各類所得扣繳率標準第6條)
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扣繳義務人給付下面的所得時，應該在給付時辦理扣繳：1.給付予非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業或於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天之大陸地區人民及大陸地區法人、團體或其他機構之營利所得。2.合作社分配予非中華民國境內居住之社員之盈餘淨額；獨資、合夥組織之營利事業分配或應分配予非中華民國境內居住之獨資資本主或合夥組織合夥人之盈餘。3.薪資。4.利息。5.租金。6.佣金。7.權利金。8.競技、競賽或機會中獎的獎金或給與。9.執行業務者的報酬。10.退職所得：退休金、資遺費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金。11.告發或檢舉獎金。12.結構型商品交易之所得。13.在我國境內沒有固定營業場所或營業代理人的國外營利事業之所得或在臺灣地區無固定營業場所及營業代理人之大陸地區法人、團體或其他機構的所得。14.所得稅法第25條規定之營利事業，依同法第98條之1規定，應由營業代理人或給付人扣繳稅款之營利事業所得額。15.所得稅法第26條規定在中華民國境內無分支機構之國外影片事業，其在中華民國境內之營利事業所得額。16.所得稅法第3條之4信託財產發生之收入，扣繳義務人應於給付時，以信託行為之受託人為納稅義務人，依所得稅法第88條及89條規定辦理。但扣繳義務人給付第3條之4第5項規定之公益信託之收入，除依法不併計課稅之所得外，得免依第88條規定扣繳稅款。（所得稅法第88條、第89條之1、臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條）
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給付營利所得應依下列規定辦理扣繳：1.自87年1月1日起公司分配股利或合作社分配盈餘給在中華民國境內居住的個人，或分配給總機構在中華民國境內之營利事業時，不論分配的股利或盈餘係屬87年度以後或86年度以前之盈餘，於給付時均不需辦理扣繳。但分配屬86年度以前的股利或盈餘，雖不須辦理扣繳，仍應依所得稅法第89條規定列單申報主管稽徵機關。分配屬87年度以後的股利或盈餘，應依同法第102條之1規定填具股利憑單。2.公司分配股利或合夥事業盈餘給非境內居住的個人或總機構在中華民國境外的營利事業時，按下列原則辦理扣繳：(1)99年1日1日起至106年12月31日：扣繳20%。(2)107年1月1日以後：一律扣繳21%。3.獨資、合夥組織之營利事業依法辦理結算申報或決算、清算申報，有應分配予非中華民國境內居住之獨資資本主或合夥組織合夥人之盈餘總額者，應於該年度結算申報或決算、清算申報法定截止日前，由扣繳義務人依規定之扣繳率，扣取稅款，並依第92條規定繳納；其後實際分配時，免再依規定扣繳。若已申報或於申報後辦理更正，經稽徵機關核定增加營利事業所得額；或未申報經稽徵機關核定營利事業所得額，致增加獨資資本主或合夥組織合夥人之盈餘總額者，扣繳義務人應於核定通知書送達之次日起30日內，就應分配予獨資資本主或合夥組織合夥人之新增盈餘總額，依規定之扣繳率，扣取稅款，並依第92條規定繳納。4.非中華民國境內居住的個人及總機構在中華民國境外的營利事業，其獲配屬87年度或以後年度的股利或盈餘時，股利或盈餘總額中所含屬依所得稅法第66條之9規定，加徵10%營利事業所得稅額部分之稅額，可抵繳該股利淨額或盈餘淨額的應扣繳稅款：(1)98年12月31日以前：其金額不得超過財政部96年10月22日台財稅字第09604545780號函釋規定之限額。抵繳稅額的計算方式如下： 抵繳稅額＝（獲配股利淨額或盈餘淨額 × 10%） ×股利或盈餘分配日已加徵10%營利事業所得稅之累積未分配盈餘 ÷ 股利或盈餘分配日累積未分配盈餘帳戶餘額。(2)99年1月1日以後：抵繳稅額及其上限的計算方式如下：抵繳稅額＝Ａ×（Ｂ／C）×DＡ＝截至分配日前，營利事業已實際繳納之各年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅累積稅額，減除各年度經稽徵機關調查核定減少之未分配盈餘加徵稅額及各年度已分配予全體股東之未分配盈餘加徵稅額後之餘額（「各年度已分配予全體股東之未分配盈餘加徵稅額」＝抵繳稅額／D，如D為0者，以1為準，按抵繳稅額公式計算該加徵稅額）。Ｂ＝分配屬已加徵10%營利事業所得稅之股利淨額或盈餘淨額（以營利事業自87年度或以後年度盈餘所分配部分為限）。C＝股利或盈餘分配日已加徵10%營利事業所得稅之累積未分配盈餘（以營利事業自87年度或以後年度之盈餘累積未分配部分為限）。D＝分配日非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業之股東之持股比例。抵繳稅額上限＝（非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業之股東獲配屬已加徵10%營利事業所得稅之股利淨額或盈餘淨額×10%）(3)自104年1月1日分配盈餘起，抵繳稅額計算方式=Ａ×（Ｂ／C）×D×50%5.公司應付之股利於股東會決議分配之日起或信用合作社之盈餘，於社員代表大會決議分配之日起，6個月內尚未給付者，視同給付，應依扣繳率對非境內股東或社員扣繳稅款及申報扣繳憑單。6.寄行計程車駕駛人，如選擇比照個人經營計程車客運業者，受寄車行應於每年1月底前開具營利所得之免扣繳憑單彙報該管稽徵機關查核。 （所得稅法施行細則第82條、第61條之1） （各類所得扣繳率標準第3條）
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扣繳義務人給付中華民國境內居住者之薪資所得，原則上以全月給付總額作基準辦理扣繳，由納稅義務人自行選定以全月給付總額依薪資所得扣繳稅額表或按5%扣繳；但獎金、津貼、補助款等非每月給付之薪資及兼職所得，依薪資所得扣繳辦法之規定按其給付額扣取5%，免併入全月給付總額扣繳；惟自100年１月１日起扣繳義務人每次給付金額未達薪資所得扣繳稅額表無配偶及受扶養親屬者之起扣標準者（100及101年度為68,501元，102及103年度為69,501元，104及105年度為73,001元，106年度為73,501元，107年度為84,501元），免予扣繳。（各類所得扣繳率標準、薪資所得扣繳辦法）
