中央主管機關得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取管理費。工業專用港或工業專用碼頭之相關設施及建築物之所有權人，得向設施或建築物使用人收取使用費。工業專用港或工業專用碼頭之經營管理者，得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取服務費。前三項管理費、使用費及服務費，其收費項目、費率及計算方式之辦法，由中央主管機關會商交通部定之。 知識庫Q&A
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中央主管機關得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取管理費。工業專用港或工業專用碼頭之相關設施及建築物之所有權人，得向設施或建築物使用人收取使用費。工業專用港或工業專用碼頭之經營管理者，得向工業專用港或工業專用碼頭之使用人收取服務費。前三項管理費、使用費及服務費，其收費項目、費率及計算方式之辦法，由中央主管機關會商交通部定之。 -
因緊急避難或緊急事故之特殊需要，中央主管機關或航政主管機關得無償調度使用工業專用港或工業專用碼頭設施。
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工業專用港或工業專用碼頭之規劃建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，準用商港法第五條、第十條、第十六條至第二十一條、第二十三條至第二十六條、第二十九條、第三十條第三項、第三十一條至第三十三條、第三十七條至第四十八條及第五十條規定。中央主管機關應於會商交通部後，始得將工業專用港或工業專用碼頭之管理，委託商港管理機關辦理。
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興辦工業人因擴展工業或設置污染防治設備，需使用毗連之非都市土地時，其擴展計畫及用地面積，應經直轄市、縣（市）主管機關核定後發給工業用地證明書，辦理使用地變更編定。前項擴展工業，以直轄市、縣（市）主管機關認定之低污染事業為限。依第一項規定擴展工業時，應規劃變更土地總面積百分之十作為綠地，並由直轄市、縣（市）主管機關辦理變更編定為國土保安用地。興辦工業人為擴展工業或設置污染防治設備，於使用地變更編定前，應繳交回饋金；其回饋金之計算及繳交，準用第三十四條第一項規定。第一項擴展範圍內之公有土地，由各該出售公地機關辦理讓售或出租，不受土地法第二十五條及地方政府公產管理法令規定之限制；其計價方式，按一般公有財產計價標準計算。直轄市、縣（市）主管機關審查擴展計畫，應向申請人收取審查費。第一項擴展計畫之申請要件、應備書件、申請程序、申請面積限制、第二項低污染事業之認定基準、前項審查費收取基準及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。
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申請使用毗連非都市土地之興辦工業人，應自使用地變更編定完成之次日起二年內，依核定擴展計畫完成使用；未完成使用前，不得以一部或全部轉售、轉租、設定地上權或以其他方式供他人使用。興辦工業人因故無法於前項所定期限內完成使用，應向直轄市、縣（市）主管機關申請展延；其申請展延完成使用之期限，總計不得超過二年。興辦工業人於前二項所定期限內違反核定擴展計畫使用者，直轄市、縣（市）主管機關應命其限期改善；屆期未改善者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止原核定，並通知相關機關回復原編定及廢止原核發建造執照或雜項執照。興辦工業人未於第一項及第二項所定期限內，依核定擴展計畫完成使用者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止原核定，並通知相關機關回復原編定及廢止原核發建造執照或雜項執照。
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興辦工業人或公民營事業違反第五十七條第二項及第三項規定而使用者，由中央主管機關處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰。興辦工業人或公民營事業違反依第五十八條第五項所定辦法中有關規劃建設之執行、船舶入出港、停泊、停航、港區安全或港區行業管理之規定者，由中央主管機關處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰。
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適用第十二條之一、第十二條之二及第十九條之一者，公司應於股東轉讓或辦理帳簿劃撥之年度、或緩課期間屆滿年度之次年度一月三十一日前，依規定格式向該管稅捐稽徵機關列單申報該已轉讓、辦理帳簿劃撥或屆期尚未轉讓之股份資料；其未依限或未據實申報者，稅捐稽徵機關除限期責令補報或填發外，按其應申報或短計之所得金額，處公司負責人百分之十之罰鍰，但最高不得超過新臺幣五十萬元，最低不得少於新臺幣五萬元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稅捐稽徵機關限期責令補報或填發，公司未依限補報或填發者，按其應申報或短計之所得金額，處公司負責人百分之十五之罰鍰，但最高不得超過新臺幣一百萬元，最低不得少於新臺幣十萬元。
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適用第二十三條之一規定之事業有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：一、違反所得稅法第七十一條規定，未依限辦理結算申報，而已依同法第七十九條第一項規定補辦結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之十滯報金。但最高不得超過新臺幣三萬元，最低不得少於新臺幣一千五百元。二、逾所得稅法第七十九條第一項規定之補報期限，仍未辦理結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之二十怠報金。但最高不得超過新臺幣九萬元，最低不得少於新臺幣四千五百元。三、已依所得稅法規定辦理結算、決算或清算申報，有短漏報依所得稅法規定之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處以二倍以下之罰鍰。四、未依所得稅法規定自行辦理結算、決算或清算申報，而經稅捐稽徵機關調查，有短漏報依所得稅法規定計算之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處三倍以下之罰鍰。五、未依有限合夥法第二十八條第二項規定之盈餘分配比例計算各合夥人營利所得額者，應按其計算之所得額與依規定計算所得額之差額，處百分之五之罰鍰。但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。六、未依限或未據實填發第二十三條之一第七項規定文件者，處新臺幣七千五百元之罰鍰，並通知限期填發；屆期未填發或未據實填發者，應按未填發文件之所得額，處百分之五之罰鍰，但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。第二十三條之一第八項規定之扣繳義務人有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：一、未依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款者，除限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按應扣未扣或短扣之稅額處一倍以下之罰鍰；其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款，或不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍以下之罰鍰。二、已依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款，而未依同項規定之期限按實申報或填發扣繳憑單者，除限期責令補報或填發外，應按扣繳稅額處百分之二十之罰鍰，但最高不得超過新臺幣二萬元，最低不得少於 新臺幣一千五百元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稅捐稽徵機關限期責令補報或填發扣繳憑單，扣繳義務人未依限按實補報或填發者，應按扣繳稅額處三倍以下之罰鍰，但最高不得超過新臺幣四萬五千元，最低不得少於新臺幣三千元。三、逾第二十三條之一第八項規定期限繳納所扣稅款者，每逾二日加徵百分之一滯納金。
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本條例施行前，依原獎勵投資條例或原促進產業升級條例編定之工業用地或工業區，適用本條例之規定。
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非屬第二條所定公司或企業之事業體，經各中央目的事業主管機關認定者，準用第九條、第十三條、第十四條、第十六條及第二十六條至第二十八條關於獎勵、補助或輔導之規定。
