貨棧或貨櫃集散站業者違反第二十六條第二項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨櫃及貨物之存放、移動、通關或管理之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃及貨物或廢止其登記。 知識庫Q&A
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貨棧或貨櫃集散站業者違反第二十六條第二項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨櫃及貨物之存放、移動、通關或管理之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃及貨物或廢止其登記。 -
經營快遞業務之業者辦理快遞貨物通關，違反第二十七條第二項所定辦法中有關業者資格、貨物態樣、貨物識別、貨物申報、理貨或通關程序之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務。
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經海關許可使用自備封條之業者，違反第二十八條之一第四項所定辦法中有關自備封條之類別、驗證基準、使用範圍、校正或管理之規定者，海關得停止其一年以下使用自備封條，情節重大者，得廢止其許可，並自廢止許可之日起一年內不得再申請使用自備封條。
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保稅倉庫業者違反第五十八條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅倉庫之設備建置、貨物之存儲或管理之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下進儲保稅貨物、按月彙報或廢止其登記。
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保稅工廠業者違反第五十九條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、保稅工廠之設備建置、保稅物品之加工、管理、通關或產品內銷應辦補稅程序之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅工廠業務之一部或全部、按月彙報或廢止其登記。
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物流中心業者違反第六十條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨物之管理或通關之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下貨物進儲、按月彙報或廢止其登記。
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免稅商店業者違反第六十一條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨物之管理、通關或銷售之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下免稅商店業務之經營或廢止其登記。
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辦理外銷品沖退稅之廠商，違反第六十三條第五項所定辦法中有關沖退原料關稅計算或記帳沖銷之規定者，海關得停止廠商六個月以下之記帳。
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依第二十條第三項、第二十條之一第二項、第二十五條第二項、第二十六條第二項、第五十八條第四項、第六十條第四項規定繳納保證金之業者，欠繳依本法規定應繳稅款、規費或罰鍰時，海關得就其所繳保證金抵繳。保證金因前項抵繳而不足時，海關得通知於一定期限內補足差額；屆期不補足者，得停止業務之經營或廢止其登記。
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進出口貨物如有私運或其他違法漏稅情事，依海關緝私條例及其他有關法律之規定處理。
