本題分以下2點來說明：1.公開發行股票之公司，依修正後公司法第162條之1規定，就其發行新股總數合併印製股票，或依同法第162條之2規定，未就其發行之股份印製股票者，上開股份以帳簿劃撥方式進行無實體交易，係屬買賣有價證券行為，應依法課徵證券交易稅，其交易所得或損失，應適用所得稅法第4條之1規定。2.公司依修正後公司法第161條之1第1項後段規定不發行股票者，依財政部80.4.30台財稅第790191196號函規定，買賣該公司股份不發生課徵證券交易稅問題，但應屬財產交易，其財產交易之所得，應課徵所得稅。（所得稅法第4條之1）（公司法第161條之1）（公司法第162條之1）（公司法第162條之2）（財政部80.4.30台財稅第790191196號函）（財政部91.2.7台財稅字第0910450541號令） 知識庫Q&A
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本題分以下2點來說明：1.公開發行股票之公司，依修正後公司法第162條之1規定，就其發行新股總數合併印製股票，或依同法第162條之2規定，未就其發行之股份印製股票者，上開股份以帳簿劃撥方式進行無實體交易，係屬買賣有價證券行為，應依法課徵證券交易稅，其交易所得或損失，應適用所得稅法第4條之1規定。2.公司依修正後公司法第161條之1第1項後段規定不發行股票者，依財政部80.4.30台財稅第790191196號函規定，買賣該公司股份不發生課徵證券交易稅問題，但應屬財產交易，其財產交易之所得，應課徵所得稅。（所得稅法第4條之1）（公司法第161條之1）（公司法第162條之1）（公司法第162條之2）（財政部80.4.30台財稅第790191196號函）（財政部91.2.7台財稅字第0910450541號令） -
公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或委託會計師查核簽證，並如期申報者，得將稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課營利事業所得稅。（98.1.21修正後所得稅法第39條）
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102年12月31日以前依加值型及非加值型營業稅法第32條第5項及營業人使用收銀機辦法規定經主管稽徵機關核定使用收銀機開立統一發票之營利事業，於102年12月31日前向主管稽徵機關或財政部財政資訊中心申請改為使用電子發票，嗣經核准者，自103年度起至112年度止，各該年度符合下列各款規定者，其當年度營利事業所得稅結算申報屬適用擴大書面審核案件，適用之純益率標準得降低1個百分點；非屬適用擴大書面審核案件，適用之所得額標準得降低2個百分點：1. 經營零售業務。2. 全部依統一發票使用辦法第7條第3項規定，以網際網路或其他電子方式開立、傳輸或接收統一發票。但遇有機器故障，致不能依上開規定辦理者，不在此限。3. 依規定設置帳簿及憑證，且當年度未經查獲有短漏開發票情事。原使用收銀機開立統一發票之營利事業，於103年1月1日以後向主管稽徵機關申請並經核准改為使用電子發票，自開立電子發票之年度起至112年度止，符合前述各款規定要件之各該年度，其當年度營利事業所得稅結算申報得適用相關獎勵規定。至年度中經核准改為使用電子發票，使用未滿1年者，其當年度營利事業所得稅結算申報得全年適用相關獎勵規定。所稱「經營零售業務」係指經主管稽徵機關核定使用收銀機開立統一發票之營利事業，以對最終消費者銷售商品或提供服務為主要營業項目，例如從事零售、餐飲、旅宿及服務等業務。102年12月31日以前經主管稽徵機關核定使用收銀機開立統一發票之經營零售業務者，倘兼營「零售業務」以外之營業項目，於該營利事業全部營業項目改為開立電子發票後，符合前述各款規定要件之各該年度，其當年度營利事業所得稅結算申報全部營業項目均得適用相關獎勵規定。所稱「全部」以電子方式開立或接收統一發票，應符合下列規定：1.營利事業自核准開立電子發票文書送達之次日起，「開立」發票部分，全部依電子發票實施作業要點使用電子發票。至於「接收」發票部分，其取自交易對象所開立之發票，不在此限。2.營利事業及其固定營業場所銷售貨物或勞務均依電子發票實施作業要點規定開立電子發票。(財政部101.9.27台財稅字第10104609090號令）(財政部103.3.12台財稅字第10200728570號令)
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營利事業所得稅結算申報採用藍色申報書，可享受下列3項優惠：1.納稅義務人依規定計算個人綜合所得總額時，如納稅義務人及其配經營2個以上之營利事業(指獨資經營或合夥經營)均係使用藍色申報書，其中有虧損者，得將核定之虧損，就核定之營利所得中減除(以同年期為限)，以其餘額為所得額，但未依期限申報綜合所得稅者，則不得適用。2.經核准使用藍色申報者，業務上直接支付之交際應酬費用，其經取確實單據者，得依所得稅法第37條規定之較優惠限度，列為損失或費用。3.公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均用藍色申報書，並如期申報者，得將稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課營利事業所得稅。（所得稅法第16條、第37條、第39條）（所得稅法施行細則第20條）
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營利事業所得稅結算申報，委託會計師或其他合法代理人查核簽證申報者，得享受所得稅法對使用藍色申報書者所規定之各項獎勵，包括所得稅法第37條交際應酬費用限額之優惠規定、所得稅法第39條前10年虧損扣除之優惠規定及所得稅法第16條盈虧互抵之優惠規定。（所得稅法第16條、第37條、第39條、第102條）
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1.為促進創新研發成果之流通及應用，我國公司或有限合夥事業在其讓與或授權自行研發所有之智慧財產權取得之收益範圍內，得就當年度研究發展支出金額200%限度內自當年度應課稅所得額中減除。但其得就本項及產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減擇一適用。2.我國公司或有限合夥事業以其自行研發所有之智慧財產權，讓與或授權公司自行使用，所取得之新發行股票，得選擇免予計入取得股票當年度應課稅所得額課稅，一經擇定不得變更。但選擇免予計入取得股票當年度課稅者，於實際轉讓或帳簿劃撥至開設之有價證券保管劃撥帳戶時，應將全部轉讓價格、贈與或作為遺產分配時之時價或撥轉日之時價作為該轉讓或撥轉年度之收益，並於扣除取得前開股票之相關而尚未認列之費用或成本後，申報課徵所得稅。(產業創新條例第12條之1、我國個人公司或有限合夥事業研究發展支出適用加倍減除辦法、產業創新條例緩課所得稅適用辦法)
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營利事業符合所得稅法第39條規定，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課者，其申請扣除之順序，應自虧損之次一年度逐年順序扣除，惟經核准適用原獎勵投資條例或促進產業升級條例中有關得抵減應納營利事業所得稅額之事業，已依所得稅法第39條規定順序申請扣除虧損，再適用抵減應納營利事業所得稅額規定，以致損失該營利事業抵減權益時，得保留在以後年度申請扣除虧損，但仍應該在「稽徵機關核定前10年內各期虧損」之限額內申請扣除。(財政部84.1.28台財稅第841604261號函)
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公司依企業併購法進行合併、分割或依同法第27條及28條規定收購，合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司得分別繼續承受合併消滅公司、被分割公司或被收購公司於併購前就併購之財產或營業部分依相關法律規定已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵。但適用免徵營利事業所得稅之獎勵者，應繼續生產合併消滅公司、被分割公司或被收購公司於併購前受獎勵之產品或提供受獎勵之勞務，且以合併後存續或新設之公司、分割後新設或既存公司、收購公司中，屬消滅公司、被分割公司或被收購公司原受獎勵且獨立生產之產品或提供之勞務部分計算之所得額為限；適用投資抵減獎勵者，以合併後存續或新設公司、分割後新設或既存公司、收購公司中，屬合併消滅公司、被分割公司或被收購公司部分計算之應納稅額為限。由公司繼續承受之租稅優惠，應符合相關法令規定之獎勵條件及標準者，公司於繼受後仍應符合同一獎勵條件及標準。(企業併購法第42條)
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1.公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依所得稅法第39條規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起10年內從當年度純益額中扣除。2.公司與外國公司合併者，合併後存續或新設之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司，得依前項規定扣除各參與合併之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司合併前尚未扣除之虧損額。3.公司分割時，既存或新設公司，得依第一項規定，將各參與分割公司分割前尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。既存公司於計算可扣除之虧損時，應再按各參與分割公司之股東分割後持有既存公司之股權之比例計算之。(企業併購法第43條)
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1. 發展觀光條例第50條。 2. 生技新藥產業發展條例第5條、第6條。3. 促進民間參與公共建設法第36條、第37條、第40條。4. 獎勵民間參與交通建設條例第28條、第29條、第33條。5. 文化創意產業發展法第27條。6. 電影法第7條。7. 運動產業發展條例第25條。8. 自由貿易港區設置管理條例第29條。9. 國際機場園區發展條例第35條。10. 新市鎮開發條例第14條、第24條。11. 都市更新條例第49條。12. 中小企業發展條例第35條、第36條之2。13. 所得稅法第51條。14. 資源回收再利用法第23條第2項。
