股份有限公司組織之都市更新事業機構投資於經主管機關劃定應實施都市更新地區之都市更新事業，得按其投資總額20%範圍內，抵減其都市更新事業計畫完成年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後4年度抵減之。其每1年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。（都市更新條例第49條） 知識庫Q&A
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股份有限公司組織之都市更新事業機構投資於經主管機關劃定應實施都市更新地區之都市更新事業，得按其投資總額20%範圍內，抵減其都市更新事業計畫完成年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後4年度抵減之。其每1年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。（都市更新條例第49條） -
1.供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在2年以上者准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短1/2計算折舊；縮短後餘數不滿1年者，不予計算。2.中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額30%為限；一經擇定，不得變更： （1）於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。 （2）於支出金額10%限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額。3.經濟景氣指數達一定情形下，新投資創立或增資擴展之中小企業達一定投資額，增僱一定人數之員工且提高該企業整體薪資給付總額時， 得就其每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之130%限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。員工年齡在24歲以下者，得就每年增僱本國籍員工支付薪資金額之百分之一百五十限度內，自其增僱當年度營利事業所得稅額中減除。4.經濟景氣指數達一定情形下，調高基層員工之平均薪資給付水準時，得就每年非因法定基本工資調整而增加支付本國籍現職基層員工薪資金額之130%限度內，自其增加薪資當年度營利事業所得額中減除。但因增僱員工所致增加之薪資給付金額已適用其他租稅優惠措施者，不得重複適用。（中小企業發展條例第35條、第36條之2）
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營利事業為防止水污染或空氣污染所增置之設備，其耐用年數得縮短為2年者，應於辦理當年度所得稅結算申報時，檢附工業主管機關證明，一併申請該管稽徵機關核定。（所得稅法第51條第2項）（所得稅法施行細則第48條之1）
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1.資源回收再利用事業購置自行使用於回收再利用之設備，其在同一課稅年度內購置總金額達新臺幣60萬元以上者，得就購置成本按7%，自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，適用該項之設備，以全新及未申請投資抵減者為限。2.資源回收再利用事業投資研究支出，如符合資源回收再利用事業購置設備及研究支出投資抵減辦法，在同一課稅年度內，其屬公司組織者，得按30%，其餘事業得按20%，自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前2年度研究經費平均數者，其屬公司組織者，超過部分得按50%，其餘事業得按30%抵減之。(資源回收再利用法第23條、資源回收再利用事業購置設備及研究發展適用投資抵減辦法)
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這個問題可分2方面說明：1.營利事業的納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。2.營利事業的納稅義務人因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起2年內查明退還，其退還之稅款不以5年內溢繳者為限。（稅捐稽徵法第28條）
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營利事業所得稅納稅義務人如發現稽徵機關核發之核定稅額通知文書或繳納通知文書有記載、計算錯誤或重複時，得依下列規定，申請更正：1.依核定稅額通知書所載有應納稅額或應補徵稅額者，應於繳納期間內，向稽徵機關申請查對更正。2.依核定稅額通知書所載無應納稅額或應補稅額者，應於核定稅額通知書送達後10日內，向稽徵機關申請查對更正。（稅捐稽徵法第17條）（所得稅法第81條）
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經稽徵機關核定的營利事業所得稅案件，納稅義務人如有不服，應敘明理由，連同證明文件，依照下列規定申請復查：1.營利事業所得稅核定稅額通知書上記載有應納稅額或應補徵稅額者，納稅義務人應於繳款書送達後，於繳納期間屆滿翌日起算30日內，申請復查。2.營利事業所得稅核定稅額通知書上記載沒有應納稅額或應補稅額者，應於核定稅額通知書送達後30日內申請復查。3.納稅義務人或其代理人，因天災事變或其他不可抗力之事由，遲誤申請復查期間者，於其原因消滅後1個月內，可以提出具體證明，並同時補行申請復查期間內應為之行為，但遲誤申請復查期間已逾1年者，不得申請。4.稽徵機關於接到復查申請書後2個月內未作成復查決定者，納稅義務人得逕行提起訴願。5.納稅義務人如果對稽徵機關的復查決定仍有不服，可以依法提起訴願及行政訴訟。（稅捐稽徵法第35條、第38條）
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這個問題分3點來說明：1.納稅義務人欠繳應納稅捐時，稽徵機關可以通知有關機關(例如：地政事務所或車輛監理機關)，就納稅義務人相當於應繳稅捐數額的財產範圍內，禁止移轉或設定他項權利。納稅義務人為營利事業者，並得通知主管機關，限制其減資或註銷之登記。2.欠繳應納稅捐之納稅義務人，有隱匿或移轉財產、逃避稅捐執行之跡象者，稽徵機關可以聲請法院就其財產實施假扣押。3.納稅義務人欠稅達一定金額，且經稽徵機關審酌有辦理限制欠稅人或欠稅營利事業負責人出境必要時，由稽徵機關報財政部函請內政部移民署限制欠稅人或欠稅營利事業負責人出境。但納稅義務人如已提供相當擔保者，可解除出境限制。（稅捐稽徵法第24條）
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稽徵機關退還營利事業經復查，或訴願，或行政訴訟等行政救濟確定應退稅款時，應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶的餘額為限，其未退還部分可留抵營利事業以後年度應納的營利事業所得稅額。又為確定股東可扣抵稅額帳戶的餘額，稽徵機關依所得稅法第100條第3項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應通知營利事業依限提示退稅時的股東可扣抵稅額帳戶餘額資料，營利事業未依限提示或未提示者，稽徵機關得依查得資料，在其餘額內退還。（所得稅法第100條第3項、第100條之1）（所得稅法施行細則第98條之1）
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目前營利事業所得稅的退稅有下列兩種方式：1.利用存款帳戶直接劃撥退稅：自92年7月1日起，稽徵機關已開辦營利事業所得稅退稅採用轉帳退稅。有關申請書表可至財政部稅務入口網下載，下載路徑：/www.etax.nat.gov.tw/書表及檔案/申請書表及範例下載/營利事業所得稅/營利事業所得稅直接劃撥退稅同意書。只要於申請書填妥公司(商號)在參與金融資訊系統連線之金融機構開立之新臺幣支票存款、活期存款單位名稱、帳戶號碼、存款人名稱、存款人統一編號及負責人身分證字號等資料後，加蓋公司大小章（不一定需要銀行印鑑章）並附存摺影本供參，寄交營業地址所在地國稅局分局、稽徵所辦理即可。申請書只需填寫一次，以後年度均適用。退稅款入帳後，稽徵機關亦將寄發通知書，告知稅款已入帳。2.寄發退稅支票：如果未採用劃撥退稅方式，稽徵機關會直接郵寄退稅支票給受退稅人，以供其存入金融機構，透過票據交換方式，領取退稅款。
