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  • 機關或團體的各項收支，均應取具合法憑證及有完備的會計紀錄，如果稽徵機關查核時未能提示合法憑證備查，或經查有漏報收支事項時，都與免稅規定不合，除了依法課徵當年度所得稅外，有關逃漏行為亦應依法處罰；惟財團法人等機關團體年度結算申報短漏報收入不超過新臺幣10萬元或短漏報收入占核定全年收入之比例不超過10%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第9款規定。至於費用支出如未依法辦理扣繳者，經稽徵機關通知補扣繳及補辦理扣繳申報後，仍應依所得稅法第114條規定處罰，但免視為不合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」的規定。（財政部83.6.1台財稅第831595361號函）（財政部71.12.10台財稅第38931號函）
  • 1.申請免扣繳證明之規定：機關或團體如符合基本免稅規定要件時，就其所取得之利息收入可以備文檢附法人登記證書影本、主管機關登記或立案證書影本、經主管機關核備之組織章程、董監事名冊及有關資料等，向當地稽徵機關申請免予扣繳所得稅，經審查符合規定後即予核發免扣繳所得證明函。機關或團體可持該證明函向金融機構之扣繳義務人申請免依扣繳規定扣繳其利息收入之所得稅款，惟各該扣繳義務人仍應依規定就其給付之利息填報免扣繳憑單向所在地稽徵機關申報，各機關或團體應就免予扣繳之利息收入，合併其他各項收支，辦理結算申報，如經稽徵機關查核不符免稅規定時，仍應就當年度之餘絀數發單補徵營利事業所得稅。2.是否應辦理結算申報之規定：除符合下列規定者免辦理機關團體結算申報外，其餘仍須辦理結算申報：(1)所得稅法第11條第4項規定之各行業公會組織、同鄉會、同學會、校友會、宗親會、營利事業產業工會、各工會團體、各級學校學生家長會、國際獅子會、國際扶輪社、國際青年商會、國際同濟會、社區發展協會、國際崇她社、各縣市工業發展投資策進會、身心障礙福利團體（合於身心障礙者權益保障法第63條規定）、直轄市縣(市)政府義勇消防總隊、老人福利協進會等老人社會團體、各縣市工業區廠商協進會及公務人員協會等機關團體，如無任何營業或作業組織收入（包括無銷售貨物或勞務收入），僅有會費、捐贈、基金存款利息，且其財產總額及當年度收入總額均未達新臺幣1億元者。(2)符合「宗教團體免辦理所得稅結算申報認定要點」第1項規定之宗教團體。(3)符合儲蓄互助社法第8條規定之免徵所得稅之儲蓄互助社。(4)僅有會費收入、事業收入、財務收入、政府補助收入、捐款及贈與收入、其他依法令之收入之農田水利會。（財政部84.9.8台財稅第841644931號函）（財政部85.5.29台財稅第851906576號函)（財政部86.3.19台財稅第861887715號函)（財政部87.3.16台財稅第871934711號函）（財政部87.7.17台財稅第871955018號函）（財政部86.3.19台財稅第861886141號函）（財政部90.3.27台財稅第0900451555號函）（財政部91.6.13台財稅字第0910453648號令）（財政部97.8.14台財稅字第09704065210號函）（財政部97.10.13台財稅字第09704102310號函）（財政部98.2.5台財稅字第09800007470號函）
  • 教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應於每年5月1日起至5月31日止辦理結算申報，其不合免稅要件者，仍應依法課稅。（所得稅法第71條之1第3項）
  • 1.於兩稅合一制下(107年度修法前)，教育、文化、公益、慈善機關或團體投資於國內營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其所含的可扣抵稅額，亦不得用以扣抵機關團體應納的所得稅額，並不得申請退還。2.107年度起，教育、文化、公益、慈善機關或團體所獲配之股利或盈餘，已無不計入所得額課稅之規定。其獲配之股利或盈餘計算方式參考2709。(107年2月7日修正前所得稅法第42條第2項）(107年2月7日所得稅法第42條)
  • 除有條件可免辦理所得稅結算申報之教育、文化、公益、慈善機關或團體外，未於每年所得稅申報期間辦理結算申報，稽徵機關將依所得稅法第79條第1項規定填具滯報通知書通知該機關團體限期補報；如超過期限仍未辦理者，則由稽徵機關輔導該等機關團體在一定期限內，補辦結算申報。經輔導後仍未辦理機關團體結算申報者，稽徵機關依查得之資料或按其收入性質適用相當行業之同業利潤標準核定其餘絀數，並視同不符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」之免稅要件，依所得稅法第71條之1第3項規定課稅。（財政部84.3.8台財稅第841607570號函）（財政部87.6.10台財稅第871948402號函）
  • 教育、文化、公益、慈善機關或團體獲配的股利淨額或盈餘淨額係屬機關團體的孳息收入，應併同其他各項收入用於與其創設目的有關活動的支出，並計算其支出比例是否符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第8款規定的60%。（財政部69.10.8台財稅第38431號函）（財政部88.11.18台財稅第881959021號函）
  • 營利事業之資產(限於所得稅法第50條、第59條及第60條所稱之固定資產、遞耗資產與無形資產3類)，如果遇到當年度物價指數較該資產取得年度或前次依法令規定辦理資產重估價年度物價指數上漲達25%以上者，得向該管稽徵機關申請辦理資產重估價，營利事業辦理資產重估價，應於其會計年度終了後之第2個月1個月內，填具資產重估價申請書，敘明營利事業設立日期、會計年度起訖日期及曾否辦理資產重估價，向該管稽徵機關申請辦理資產重估，並於接到該管稽徵機關核准辦理重估通知書之日起60日內，填具下列3種書表向該管稽徵機關辦理重估價申報：(1)資產重估價申報書 (2)重估資產總表及其明細表 (3)重估前後比較資產負債表。如果未能於60日之期限內辦理申報，營利事業可以自行延期30日，不必事先申請核准，但是其申報重估價值有錯誤時，不得享受改正申報之權益。（營利事業資產重估價辦法第3條、第5條、第17條、第19條、第23條、第24條）（財政部64.5.2台財稅第33134號函）
  • 營利事業申請使用藍色申報書，應於會計年度開始之第6個月內，依規定格式填具申請書，向稽徵機關申請。如果是新設立的營利事業，應於該事業會計年度終了前1個月內提出申請。（營利事業所得稅藍色申報書實施辦法第4條）
  • 應辦理暫繳的營利事業，會計年度採曆年制，應於每年9月1日起至9月30日止辦理暫繳申報。目前尚無申請延期申報之規定，除非最後一天，即30日那天剛好是星期六、星期日或國定假日，可以順延至次一營業日繳稅及申報外，都應在9月30日以前繳清稅款及辦妥申報。採特殊會計年度的營利事業，申報期限比照曆年制推算。例如採7月制會計年度的營利事業，應在3月1日至3月31日1個月內繳納暫繳稅款並辦理暫繳申報。（所得稅法第67條、第101條）
  • 應辦理暫繳申報之營利事業，應於申報期間內，按其上年度結算申報營利事業所得稅應納稅額之1/2為暫繳稅額，自行向庫繳納，並依規定格式，填具暫繳稅額申報書，檢附暫繳稅額繳款收據，向登記地稽徵機關辦理申報。若營利事業未以投資抵減稅額、行政救濟留抵稅額及扣繳稅額抵減前項暫繳稅額者，於自行向庫繳納暫繳稅款後，得免依前項規定辦理申報。公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期辦理暫繳申報者，得以當年度前6個月之營業收入總額，依所得稅法有關營利事業所得稅之規定，試算其前半年之營利事業所得額，按當年度稅率，計算其暫繳稅額，不適用第1項暫繳稅額之計算方式。（所得稅法第67條）

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